A Spider-Man: Edge of Time gyakorlatilag egy időutazás, melyben a Pókembernek több dimenzión átutazva kell a világot megmentenie a pusztulástól. Walker Sloan, az Alchemax cég munkavállalója rájön, hogyan változtathatja meg a világot, s ezért 2099-ből visszautazik az időben, hogy az idő kerekét a maga javára fordítsa. A játékban két Pókembert is kell irányítanod a két világnak megfelelően, eltérő képességekkel. Természetesen a főgonoszok sem maradhatnak ki a játékból.