Kevés játék ért véget olyan ellentmondásosan, mint a F.E.A.R. 2: Project Origin. A dolgok hatalmasat fordultak, s a történet olyan irányt vett, amit csak kevesen gondoltak volna.

A F.E.A.R. 3-mal a fejlesztő, a Day 1 Studios ott folytatja, ahol az előző rész véget ért, egyúttal egy teljesen új elemet visz a játékba, ami eddig idegen volt a franchise-tól, a ko-op módot. 9 hónappal a második rész eseményei után Alma reje teljében van, s szíve alatt a Project Origin főhősének, Beckett gyermekét hordja, aki nem önszántából lett az aktus részese. Hogy minden még kuszább legyen, visszatér az első rész kannibál gonosza, Paxton Fettel is, aki a Project Origin-ben a Foxtrott 813 nevű szellemlényként volt ismert.

Ezek után már nem is nehéz összerakni, hogy a ko-operatív mód két szereplője a két testvér, Point Man és Fettel lesz, azonban a kampány módban előbbivel nyomulhatunk, aki szintén ismerős figura az első részből, bár némi átalakuláson ment keresztül azóta. Természetesen a két testvér őrülete egészen más játékmenetet von maga után. Point Man gyakorlatilag a kézifegyverek mestere, aki a fegyverek széles tárházát használhatja lépten-nyomon, azonban néhány extra képességgel is rendelkezik testvére jóvoltából. Fettel nem használhat hagyományos fegyvereket, azonban ott lesz neki fő erőssége, a telekinetikus energia. Vörös aura lengi körül, a környezet tárgyait könnyedén felkapja és vágja ellenfeleihez, elleségei fejébe mászva irányíthatja őket, de szívesen hagyatkozik testvérével a ko-operációra. Titkos, eldugott útvonalakat képes felfedezni, és rendelkezik a gyógyítás képességével is. Az ő mentális energiája sem végtelen, de idővel magától töltődik fel. Kiválóan kiegészítik egymást, bár egyenként nem sokra mennének, együtt gyakorlatilag megállíthatatlanok.

Az előző részhez képest nagy előrelépés, hogy a F.E.A.R. 3-ban lesz fedezékrendszer. Ha egy tárgy mögé beállunk, akkor automatikusan fedezékbe húzódunk, azonban azt már a szoftver számolja ki, hogy melyik is az optimális pozíció, a tárgy előtt, vagy a tárgy mögött. Ezt követően pedig a tárgy mögül pont annyira fogunk tudni kikandikálni, amennyire feltétlenül szükséges. A Day 1 Studios fejlesztői nagy hangsúlyt helyeztek a horrorisztikus hangulatra. Az egyes helyszínek szinte adják magukat a paranormális elemek tombolásának, Alma megerősödésével egy pillanatig sem lesz a játékos nyugalomban.

Bizakodásra ad okot, hogy a scriptelt találkozások helyett a fejlesztők véletlen generált megoldást alkalmaznak, így a játék gyakorlatilag többször újrajátszható anélkül, hogy ugyanaz történne velünk. Kamány módban Fettelt az AI irányítja, azonban kooperatív módban bármelyik társunk, aki beszáll a játékba. Hogy még izgalmasabb legyen a dolog, pontrendszer biztosítja a motivációt, s vélhetően különböző jutalmakban is részese lehet a jól teljesítő játékosnak.