A Prototype 2 sem maradt ki a jóból, megkapta a maga gamescom előzetesét. A közel négy perces videóból kiderül, hogy mi is történt eddig, ki az új célpont.

A játék főhőse ezúttal nem Alec Mercer lesz, hanem egy katonatiszt, James Heller, akit az előző részben fertőztek meg azzal a vírussal, ami alakváltó mutánst csinált belőle.  Heller célja, hogy kinyírja azt, aki ezt művelte vele. A Prototype 2 2012. április 24-én jelenik meg PC, Xbox 360 és PS3 platformokra.