Bár a Ninja Gaiden 3 csúnyán elhasalt nagykonzolokon, a Tecmo Koei abban bízik, hogy a Wii U-s verzió lesz a legjobb változata a játéknak, melyben az összes eddigi extra megtalálható. A Tokyo Game Show-ra természetesen vittek egy előzetest.

A Wii U-s verzióban megtalálható lesz az alapjáték, az összes eddigi DLC, és egyéb exkluzív nyalánkságok, mint például egy új,  játszható karakter, Ayane.