A Killzone 3 története ott folytatódik, ahol az előző rész abbamaradt. A Helghast csapatok elindultak, s a két főhős az ISA csapatoktól elszigetelődve az ellenséges területen ragadt, amikor az offenzíva kezdetét veszi. A PlayStation 3 konzol grafikai képességeit jól demonstráló játék lélegzetelállító területekre kalauzol: akár a Helghan bolygó dzsungeléről, akár az északi havas tájakról legyen szó. A Killzone 3 támogatja a Sony mozgásérzékelős rendszerét, a PlayStation Move-ot.